يعين مدير المعهد طبقا للتشريع الجاري به العمل لمدة أربع (4) سنوات قابلة للتجديد من بين الشخصيات العلمية المشهود بكفاءتها وتجربتها في مجال اختصاص المعهد.

يتولى مدير المعهد تدبير شؤون هذا الأخير والسهر على توفير الشروط اللازمة لتمكينه من القيام بمهامه. ومن أجل ذلك ، يقوم على الخصوص ، بالمهام التالية  :
– رئاسة المجلس العلمي للمعهد وإعداد جدول أعماله والسهر على تنفيذ قراراته ؛
– الإشراف على أشغال مجموعات الأبحاث والدراسات العلمية وتنسيق أشغالها ؛
– رفع البرامج والمشاريع والأنشطة العلمية للمعهد إلى مجلس تنسيق أعمال الأكاديمية للبت فيها ؛
– السهر على تنفيذ البرنامج العلمي للمعهد ؛
– رفع اقتراحات وتوصيات المجلس العلمي إلى أمين السر الدائم للأكاديمية قصد عرضها على مجلس تنسيق أعمال الأكاديمية للبت فيها ؛
– إعداد النظام الداخلي للمعهد الذي يحدد تنظيم وسير أجهزته ، يضم إلى النظام الداخلي للأكاديمية.