تضم الأكاديمية أيضا المعهد الملكي لتاريخ المغرب.
ويعتبر المعهد الملكي للبحث في تاريخ المغرب مؤسسة علمية منوط بها مهمة البحث في تاريخ المغرب، والارتقاء بالمعارف المتصلة بماضيه القريب والبعيد بهدف ترسيخ الهوية المغربية، وتأصيل الذاكرة الجماعية، مع التفتح على مختلف الشركاء التاريخيين الآخرين.
ولهذه الغاية، يعمل المعهد على ضمان إنجاز المهام التالية:
- تطوير ونشر المعرفة التاريخية المتعلقة بتاريخ المملكة؛
- تنمية الدراسات المتصلة بتاريخ المغرب وتطوير الأرشيف والرصيد الوثائقي الخاص بهذا المجال؛
- السهر على إعداد وإنجاز مختلف البرامج والمشاريع والأنشطة العلمية المتعلقة بتاريخ المغرب وتراثه الحضاري، والعمل على نشر تلك التي قرر المجتمع الأكاديمي نشرها؛
- إعداد منشورات موجهة للشباب، إضافة إلى مؤلفات بعدة لغات تخصص للمغاربة المقيمين بالخارج؛
- استعمال مختلف وسائل التواصل، ولاسيما المتاحف التاريخية والمعارض المتنقلة وتنظيم الندوات واللقاءات العلمية؛
- تشجيع التعاون مع المؤسسات والهيئات الوطنية والأجنبية المتخصصة في إجراء الأبحاث من أجل تبادل الخبرات معها وإنجاز مشاريع علمية مشتركة.