L’Institut poursuit une politique active en matière de publication afin de développer la production du savoir historique et d’offrir un espace d’échange et de diffusion pour les recherches menées dans ce champ. À cet égard, il publie une série de livres sur l’histoire du Maroc, principalement en arabe, mais aussi dans d’autres langues telles que le français, l’anglais ou l’espagnol. Ces livres sont produits dans le cadre des programmes et des projets menés par les équipes de recherche de l’Institut. Il publie également des ouvrages de chercheurs dont les publications inédites portent sur l’histoire du Maroc. L’Institut encourage aussi les jeunes chercheurs en publiant leurs thèses de doctorat dans le cadre du programme : Le prix de la meilleure thèse.

Les publications sont soumises à un double processus de sélection. D’une part, les contributions sont sélectionnées dans le cadre des programmes et projets approuvés par le Conseil scientifique. Celles reçues dans ce cadre sont soumises à une évaluation par les pairs à l’aveugle. D’autre part, des articles issus de colloques ou de rencontres scientifiques sont sélectionnés et sont également soumis au même processus d’évaluation à l’aveugle.