Le conseil scientifique est composé, outre le directeur de l’Institut et les chefs de groupes de recherches et d’études scientifiques, de :

• 6 personnalités nommées par le directeur de l’Institut parmi les experts choisis pour leur compétence, leurs qualifications et leur expérience scientifique reconnue dans le domaine de spécialité de l’Institut et ;
• 2 personnalités représentant l’Académie choisies parmi ses membres, l’une parmi les membres résidents et l’autre parmi les membres associés, nommées par l’Assemblée académique sur proposition du conseil de coordination des travaux de l’Académie.

  Le conseil scientifique est chargé d’examiner toutes les affaires qui s’inscrivent dans le domaine de compétence de l’Institut. À cet effet, le conseil scientifique a pour missions de :

• Fixer les orientations générales de l’action de l’Institut dans le domaine de la promotion, du développement et de l’encouragement des études relatives à l’histoire du Maroc, lesquelles orientations sont soumises à l’assemblée académique pour approbation ;
• Élaborer le programme scientifique de l’Institut préalablement à sa soumission au conseil de coordination des travaux de l’Académie pour examen conformément aux dispositions de l’article 27 de la présente loi ;
• Présenter toute proposition ou recommandation visant la mise en œuvre des missions de l’Institut, l’amélioration de ses performances et l’assurance des conditions nécessaires pour la réalisation de ses projets et de ses activités dans les meilleures conditions ;
• Donner son avis sur les conventions de partenariat, de coopération et d’échange d’expertises à conclure au nom de l’Institut avec ses partenaires et les soumettre via le directeur de l’Institut au conseil de coordination des travaux de l’Académie conformément aux dispositions de l’article 27 de la présente loi ;
• Élaborer un rapport annuel sur le bilan d’activités de l’Institut. Ce rapport est annexé au rapport annuel sur le bilan d’activités de l’Académie.