Le programme scientifique de l’Institut est élaboré par son conseil scientifique, puis soumis à l’approbation du conseil de coordination des travaux de l’Académie. Chaque programme se décline alors en un ensemble de projets menés sous divers formats : travaux de recherche, colloques, conférences, tables rondes, séminaires, publications, formations, supports audiovisuels, etc.

Une équipe de recherche est constituée pour chaque programme afin d’en assurer la mise en œuvre.